62 aastat hiljem …
Raeküla staadionil käis harjutamas hulk noori jalgpallisõpru, kes osalesid 1999. aastal ka Nike poolt korraldatud rannaturniiril. Üllatusena võideti professionaalseid jalgpallureid. Sellest tekkis idee hakata regulaarselt harjutama ka muruväljakul.
Pärnu Kalevi staadionil kohtusid esimese Eesti Vabariigi aegse spordiselts Vapruse ründemängija (aastatel 1932-1936) Aleksander Padu(Padumets) ja Reigo Tõnsberg, kellel tekkis idee taaselustada spordiselts Vaprus. Pärnu JK Vapruse põhikiri kinnitati 25.07.1999, mis registreeriti 2000. aastal.
Seejärel otsustati osta koht III liigas ja osaleda 2000.a. Eesti meistrivõistlustel. Esimene liigaaasta osutus niivõrd edukaks, et järgmiseks hooajaks kindlustati koht juba II liigas. Lisaks sellele võideti ka Pärnu meistritiitel.
- 2000. aastal asutati Pärnus FC Pärnu Levadia ja JK Pärnu Pataljon.
- 2001. aastal käivitas JK Vaprus Pärnumaa Meistrivõistlused Vapruse Karikale, mille võitis Levadia võistkond.
2001. aasta kujunes Vaprusele väga edukaks – võideti Madalamate Liigade Karikas ja sellega kindlustati pääs UEFA Regions Cupile. Paraku lubas EJL seal osaleda vaid kahel Vapruse mängijal Priit Hansalul ja Hannes Lehel, kes lõi ka koondise eest auvärava.”
2001. aastal kohtuti Inglismaa amatöörklubi The Old Carthusian Football Club-ga Londonist. Samuti osaleti Eesti-Läti 100 võistkonna maavõistlusel, kus kohtuti FK Upesciemsiga. Lisaks kohtuti treeningmängudes veel Soome klubidega.
Kuna Pärnu Levadia oli tõusnud Meistriliigasse, siis otsustati loobuda laenulepingu alusel 3 väljakumängijast ja väravavahist. 1.12.2001 sõlmitud lepingu alusel siirdus Rain Põldme FC Pärnu Levadiasse. Seda võib pidada Vapruse esimeseks ametlikuks mängijatega tehtud tehinguks.
Lisaks Rain Põldmele, Ruslan Mironovile ja Sergei ©amkovile, kes kõik olid klubis mänginud 1999. aastast, siirdus FC Pärnu Levadiasse ka Artur Pinka, kes saabus Vaprusesse 2000. aastal FC Tallinna Stroomist. Kuna juhtmängijate siirdumine nõrgestas oluliselt meeskonna võitlusvaimu, otsustati mitte pürgida esiliigasse ja II liiga lõpetati II kohaga.
- 2002. aastal alustati nõrgendatud koosseisus ja seati eesmärgiks II liiga koha kindlustamine. Sama aasta lõpus otsustasid JK Vaprusega ühineda Marek Lemsalu Jalgpallikool, JK Pärnu Pataljon ja FC Pärnu Levadia, mille tulemusena tekkisid Vapruse ridadesse mitmed noortevõistkonnad.
- 2003. aasta osutus klubile majanduslikult raskeks. Eelarve paisus juba 1.3 miljonile kroonile, kuid vajaminevaid toetajaid ei leitud ja hooaeg lõpetati defitsiidis. 2003. aastal hakati osalema aktiivselt ka rannajalgpallis, kus saavutati mitmel etapil esikoht.
- 2004. aastal õnnestus Vaprusel saavutada rannajalgpallis Eesti esimene meistritiitel. 2005. aasta veebruaris osalesid 10 Vapruse mängijat treeninglaagris Egiptuses.
- 2006. aastal saavutati Meistriliigas auväärne 7. koht.
- 2007. aastal saavutati Meistriliigas 8. koht, millega edastati liigast välja langenud Lasnamäe Ajaxit ning FC Kuressaaret. Fair Play arvestuses saavutati FC Flora järel 2. koht.
- 2008. aastal kukkus Vaprus pika hooaja järel Meistriliigast kahjuks välja. Tänu TVMK likvideerimisele pääseti, vaatamata 10. kohast, üleminekumängudele Paide Flora Linnameeskonna vastu. Kuigi kahe mängu üldseis jäi 5-5, siis tänu rohkematele võõrsil löödud väravatele pääses Meistriliigasse Paide. Fair Play arvestuses saavutati taas 2. koht.
- 2009. aastal mängis Vaprus üle pika aja jälle Eesti Esiliigas. Tugevalt noorenenud koosseisuga kindlustati hooaja lõikes liigatabelis endale 7. koht. 36 mänguga koguti Esiliigas 39 punkti.
